Il fitoplancton è costituito dall'insieme degli organismi autotrofi fotosintetici ovvero capaci di sintetizzare la sostanza organica a partire dalle sostanze inorganiche disciolte nell'acqua attraverso l'utilizzazione della radiazione solare come fonte di energia.
Popola lo strato superficiale delle acque determinando una variazione del colore per effetto della produzione di clorofilla e di pigmenti fotosintetici.
Il suo aumento è legato proporzionalmente all'incremento dei nutrienti di azoto e fosforo nelle acque.

La valutazione della tossicità con Daphnia Magna rappresenta uno dei metodi biologici più efficaci per il controllo dell’inquinamento delle acque. La Daphnia magna ( nome comune “pulce d’acqua”) è un piccolo crostaceo d’acqua dolce, filtratore e capace di sopravvivere nella cultura nutrendosi di alghe, batteri o lieviti. L’utilizzo di questo metodo consente di valutare se il campione d’acqua in esame contenga sostanze tossiche e, in caso positivo, di definire il grado di tossicità o i valori di diluizione compatibili con la vita acquatica.

La microcistina è un prodotto di sintesi dei cianobatteri o alghe azzurre che sono microrganismi con caratteristiche appartenenti sia a cellule batteriche che vegetali. La loro presenza è frequente nei bacini lacustri e può aumentare a dismisura in presenza di determinate condizioni chimico-fisiche.
Le microcistine o cianotossine rappresentano un rischio di contaminazione delle acque, in presenza di fioritura algale, sono pertanto indicative dello stato di salute del bacino lacustre.

L'ossigeno disciolto è uno degli indicatori dello stato trofico dei laghi e proviene dagli scambi con l'atmosfera e dai processi fotosintetici della vegetazione. Un valore elevato, prossimo alla saturazione indica una buona disponibilità di ossigeno che può essere scambiata con l'atmosfera ed essere utilizzata nei processi respiratori degli organismi acquatici.
Le acque analizzate presentano mediamente una buona ossigenazione, con valori di ossigeno disciolto che si mantengono solitamente al di sopra dell'80% e oscillano intorno alla saturazione.

Tra le varie forme chimiche dell'azoto è di particolare interesse la forma ossidata, in quanto può essere assorbita dalle piante. La grande solubilità dei nitrati e la loro assimilabilità immediata li rendono preziosi nei terreni, nei quali svolgono un'importante azione fertilizzante e negli ambienti acquatici, nei quali contribuiscono all'accrescimento della vegetazione.
Tuttavia un quantitativo elevato di composti azotati nelle acque può essere causa di eutrofizzazione, con conseguente eccessiva proliferazione della componente autotrofa (alghe, fitoplancton, piante acquatiche) e alterazione dell'intero habitat naturale.
Nei corpi idrici superficiali destinati alla produzione di acqua potabile di categoria A2 il valore limite dei nitrati è pari a 50 mg/l.

Il BOD (Biochemical Oxygen Demand) rappresenta la quantità di ossigeno richiesta dalle colonie microbiche aerobiche, in condizioni specifiche di tempo e temperatura, per degradare la sostanza organica biodegradabile presente nell’acqua.
Questo processo si conclude in 20 giorni (BOD20), ma siccome nei primi 5 giorni si ha un consumo di ossigeno di circa 2/3 del totale (68% del BOD20) nella pratica per semplificare la procedura e ridurre i tempi dell’analisi si determina il cosiddetto BOD5 (cioè il BOD a cinque giorni). Più il BOD5 è basso meno l’acqua è contaminata da sostanza organica.

Il COD (Chemical Oxygen Demand) è la quantità di ossigeno richiesta per ossidare chimicamente, con particolari modalità operative standardizzate, le sostanze ossidabili.
E' un indice che individua non solo le sostanze organiche ossidabili biologicamente, ma anche le sostanze organiche non biodegradabili, ossidabili solo chimicamente (richiesta chimica di ossigeno).