L’Agenzia, nell’ambito della normativa sulle AIA, risulta avere competenze sia in fase istruttoria con l’espressione del parere di competenza nella conferenza di servizi indetta dall’autorità competente secondo l’art. 29 quater commi 5 e 6 del D.lgs 152/2006, sia in fase di vigenza dell’autorizzazione con l’attività di controllo del rispetto dell’autorizzazione secondo l’art. 29 decies comma 3 del medesimo decreto legislativo.